Решение довольно таки простое:
<div class="main">
<div ng-repeat-start="el in elements">{{el.title}}</div>
<div ng-repeat-end ng-if="separator($index)">Разделитель</div>
</div>
В контроллере определяем функцию separator:
$scope.separator = function (index) {
// тут описываем логику, когда ставить разделитель, а когда не ставить
return true; // true - ставить, false - не ставить
}